Skipurit Samkeppniseftirlitsins er sniðið að árangurs- og verkefnastjórnun. Til grundvallar skipuritinu liggja eftirfarandi markmið:
- Að góð yfirsýn sé bæði yfir tiltekna kjarnamarkaði og meginverkefni.
- Að fyrirliggjandi þekking og reynsla nýtist á hverjum tíma í þau verkefni sem vinna þarf.
- Að Samkeppniseftirlitið og einstakar einingar þess vinni saman sem ein heild.
Í skipuritinu (ysta hring) eru skilgreindir tíu kjarnamarkaðir sem spanna öll svið atvinnulífsins. Öllum verkefnum Samkeppniseftirlitsins sem beinast að tilteknum þáttum atvinnulífsins er hægt að finna stað í skipuritinu (t.d. heyra matvörumarkaður og olíuvörur undir markaðinn neysluvörur, rekstrarvörur o.fl.). Þá hafa verið skilgreindir yfir 60 undirflokkar undir þessum kjarnamörkuðum. Tilgangurinn er sá að byggja upp og viðhalda góðri yfirsýn og þekkingu á helstu mörkuðum, en það gerir stofnuninni m.a. betur kleift að forgangsraða og móta áherslur í starfi sínu.
Einnig eru í skipuritinu skilgreind meginverkefni (miðjuhringur) sem mikilvægt er að fela í skilgreinda umsjón sérfræðinga í því skyni að byggja upp yfirsýn og þekkingu á viðkomandi verkefnum.
Sérfræðingar Samkeppniseftirlitsins bera skilgreinda ábyrgð á umsjón með mörkuðum og verkefnum. Staðsetning hvers starfsmanns í skipuriti ræðst fyrst og fremst af því hvar þekking hans og reynsla nýtist best með hliðsjón af áherslum og forgangsröðun stofnunarinnar á hverjum tíma.
Þá er yfirstjórn stofnunarinnar í miðju skipuritsins. Forstjóri ber ábyrgð gagnvart stjórn á daglegri starfsemi stofnunarinnar. Aðstoðarforstjóri og aðallögfræðingur bera skilgreinda ábyrgð á faglegum úrlausnum og verkefnum stofnunarinnar. Aðstoðarforstjóri er staðgengill forstjóra.
Rekstur Samkeppniseftirlitsins heyrir beint undir forstjóra en dagleg framkvæmd er í höndum umsjónarmanns rekstrarmálefna.